该学位点拥有发酵工程省级重点学科，生物工程安徽省I类高峰学科以及校级食品科学与工程校级重点学科。本学科拥有安徽省工业微生物分子育种工程实验室、安徽省微生物发酵工程技术研究中心、安徽省生物制品与食品检测检验等8个省部级科研平台和安徽工程大学微生物发酵制药产业共性技术研究院及生物质发酵省级科研创新团队，并与十多家大型著名企业建立研究生培养实习实践基地。
该学位点拥有一支科研能力强，教学水平高，学历、职称和年龄结构合理的导师队伍。现有校内硕士生导师40人，其中教授17人，博士学位导师37人。聘请清华大学、江南大学、苏州大学等一批国内外知名学者担任兼职教授和硕士生导师，还聘有企业导师30余人。