生物与食品工程学院始建于1984年，历经食品工程系、生物化学工程系和生物与化学工程学院等办学阶段，是安徽工程大学最早的四个教学单位之一。学院坚持立德树人根本任务，秉承“尚德敏学、唯实惟新”的校训精神，以本科生教育为主，大力发展研究生教育，主动服务地方经济社会发展，扎实推进学院高质量发展。近年来，学院获批教育部立德树人机制综合改革试点院系、全国高校党建工作样板支部、全国高校“双带头人”教师支部书记强国行专项行动团队，并荣获“安徽省工人先锋号”和“安徽省教育工作先进集体”称号。

学院现有食品科学与工程、生物工程、生物制药3个本科专业；生物工程、食品科学与工程2个一级学科硕士点和1个生物与医药工程专业硕士学位点。教职工86人，其中专业教师71人，具有博士学位69人、高级职称34人，省级教学名师2人，省优秀教师1人，获省级人才称号4人。聘请清华大学邢新会教授、江南大学堵国成教授、苏州大学杨凯教授等一批国内外知名学者担任兼职教授和硕士生导师。

学院高度重视高水平学科和研究平台建设，在第五轮全国学科评估中，生物工程学科取得优异成绩，位居安徽省首列，实现学校历史性突破。现有安徽省工业微生物分子育种工程实验室、安徽省微生物发酵工程技术研究中心、安徽省生物制品与食品检测检验及其标准化技术公共服务平台、安徽省固态发酵工程技术研究中心（古井集团共建）、安徽省微生物药物工程技术研究中心（新宇药业共建）、安徽省米制方便食品工程技术研究中心（同福碗粥共建）等6个省级研究平台和1个生物质发酵省级科研创新团队。

学院先后主持国家自然科学基金、国家农业科技成果转化资金等国家级科技项目20余项，安徽省科技重大专项、安徽省科技攻关计划项目和安徽省自然科学基金等省级科技项目40余项，获中国轻工业联合会科技发明奖、中国产学研合作创新成果奖、安徽省科技进步奖等省部级科研奖励一等奖2项、二等奖3项、三等奖4项，芜湖市科技进步二等奖1项、三等奖4项，获授权发明专利50余项，发表SCI和EI收录论文300余篇，纵横向到账科研经费4000万余元。

学院积极推进一流专业建设和教育教学改革，食品科学与工程获批国家一流专业和卓越农林人才计划立项建设，并于2019年顺利通过国家工程教育认证；生物工程获批国家一流专业和省级专业综合改革试点专业。学院先后获得国家级新农科建设项目1项、国家一流课程1门、省级精品（示范）课程10余门、省级质量工程项目30余项、省级教学成果奖6项，拥有省级校企合作实践教育基地1个、省级示范实验实训中心1个。

学院积极开展“三全六专”育人实践工作，大力开展创新创业教育，扎实推进个性化人才培养，鼓励学生参加学科竞赛和社会实践活动。近年来，在全国节能减排大赛、全国大学生生命科学竞赛、安徽省大学生生物标本制作大赛、安徽省大学生食品设计创新大赛等竞赛中取得一系列优异成绩；考研录取率达35%以上，本科生就业率达95%以上。

学院坚持党建引领，以学科建设为龙头，以专业建设为基础，以提升人才培养质量为目标，持续加强内涵建设，为“特色鲜明、国内一流、国际知名的高水平大学”建设提供强力支撑。