我校生物工程学科始于1988年建立的发酵工程学科，2003年获批“发酵工程”二级学科硕士学位授权点，2008年入选安徽省第三批重点学科，2016年“发酵工程”二级学科硕士点与“轻工技术与工程”工程硕士点动态调整为生物工程一级学科（学术型、专业型）硕士点，2019年入选省级博士立项支撑学科，2021年在全国第五轮学科评估中取得优异成绩，位于全省前列。本学科以生物产品需求为导向，针对生物工程研究中的重大问题，重点打造以发酵产品、酶制剂、微生物药物为代表的工业微生物资源开发及集成育种平台、生物药物传输系统新材料为代表的生物制药及载体材料开发技术平台以及生物资源开发与利用、环境微生物改良技术及应用等技术平台。
生物工程学科先后入选安徽省I类高峰学科及对标晋级A类学科培育项目，学科平台实力雄厚，拥有“安徽省工业微生物分子育种工程研究中心”、“合成生物制造安徽省产业创新研究院”、“微生物发酵安徽省工程技术研究中心”等11个省部级以上科技创新与高层次人才培养平台。经过多年的建设和积累，现已形成了微生物代谢与发酵工程、生物制药与载体材料工程、生物催化与转化工程、生物质资源化与环境生物治理、合成生物学等5个稳定的研究方向。
本学科拥有一支科研能力强，教学水平高，学历、职称和年龄结构合理的导师队伍。现有专职教师42人，其中，教授14人、副教授9人，40人具有博士学位，其中国家级人才1人，安徽省“特聘教授”项目获得者1人，安徽省“青年拔尖”项目获得者1人，安徽省“科协人才托举计划”获得者1人，安徽省高校杰青项目获得者1人，安徽省高校优青项目获得者2人，安徽省教学名师2人，安徽省优秀教师1人，安徽省115创新团队1个，安徽省高等学校科研创新团队1个。另聘请了来自清华大学、江南大学、苏州大学等一批国内外知名高校的学者担任兼职教授和硕士生导师。近年来，先后承担和完成了200余项科研项目，主持国家自然科学基金16项，主持教育部中小企业科技创新基金项目1项，主持安徽省自然科学基金、重点研究与开发计划等三类项目40项，安徽省高校自然科学基金50余项，其中重点项目10项；获中国循环经济协会科学技术一等奖1项、中国粮油学会科学技术二等奖1项、中国产学研合作创新成果二等奖1项、安徽省科学技术三等奖3项，芜湖市科技进步奖3项。公开发表学术论文200余篇，其中SCI、EI收录100余篇，授权发明专利47项，实现成果转化10项，出版专著2部。