农业生物技术研究所成立于2012年5月，由安徽工程大学生化学院与芜湖市大浦国家农业科技园现代农业技术中心共同组建。目前拥有教授、副教授、研究员、高级工程师和工程师等科研技术人员20余名，其中具有博士学位8人。
农业生物技术研究所以生物科技创新引领农业和生物产业发展，深度融入合当地经济发展，紧紧抓住当地特色农业，特有生物资源，研究利用生物技术，建立生物科研基地，研发相关产品，解决相关技术。主要开展名贵花卉、特色果蔬、珍希药用植物的组培繁育和微生物菌肥研究工作。研究所成立以来，以我校作为主持单位承担了芜湖市重点攻关项目“紫薯色素提取研究”、“脱毒草莓高效繁育与栽培技术研究”，安徽省攻关项目“皖江园艺高效组培繁育和产业化推广”等项目研究和开发工作的，科研经费达到200万元。已经联合开展了脱毒草莓和脱毒葡萄的组培繁育和栽培研究工作，获得了高质量的脱毒苗，解决了草莓栽培中的一些问题。开展了蝴蝶兰、墨兰等名贵兰花的繁育和病毒检测研究，筛选了耐寒蝴蝶兰新品种，濒危药用植物霍山石斛的繁育和栽培工作，取得较好成效。
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